Vazifesini eda etmediği devirlerde ise her şey gibi medrese de kendi devletinin, kendi milletinin, kendi hükümdarının başına belâ oldu.
Dininin ruhuyla, devletiyle bütünleşmeyen medrese hiçbir zaman medrese olamadığı gibi tekye de tekye olamamıştır. İlim yapmayı bırakıp diniyle, devletiyle uğraşan müessesenin adı ne olursa olsun, hakikî mânâda o müessese içten içe bozulmaya uğramış ve dolayısıyla da tekrar kendisini yenileyip eski hüviyetine dönmedikçe, ondaki çöküntü devam edecektir. Temeldeki arıza, sonunda elbetteki duvarları ve çatıyı da saracaktır. Mektep ve medrese içtimaî hayatın temeli demektir. O temel sağlamlaştırılmadıkça, devletin ayakta durması mümkün değildir. Osmanlı’da da bu olmuştur.
Yani, medrese ve tekyeler bizzat Osmanlı’yı yıkan güçler değildir. Aksine onlar Osmanlı’yı ayakta tutan dinamiklerdir. Ancak kendileri yıkılınca, onlara dayalı olan devlet de ister istemez çökmüştür. Bu acı fakat gayet tabiî bir neticedir. Zira Kur’ân “Bir toplum kendini değiştirmedikçe, Allah onları değiştirmez.”1 buyurmaktadır.
1Enfâl sûresi, 8/53; Ra’d sûresi, 13/11.